Man sollte annehmen, dass eine Familie, die ein so reiches kulturelles Erbe in Franken hinterließ, auch aus diesem Gebiet stammte. Doch weit gefehlt: Beheimatet waren die Schönborns ursprünglich ganz woanders. Ihre Wurzeln, die sich urkundlich bis ins ausgehende 13. Jahrhundert zurückverfolgen lassen, lagen im Westerwald und im hinteren Taunus. Der kleine Ort Schönborn nahe Diez an der Lahn gab dem Geschlecht seinen Namen. Die Familienlegende sieht in einem Ritter namens Eucharius, der den »Schönen-Born« zur Stauferzeit einst bebaut haben soll, den Stammvater der Genealogie. Doch erst im 14. Jahrhundert wird die dem niederen Adel zugehörige Familie etwas besser greifbar. Aufgespalten in mehrere Linien – darunter die Hahnstätter, Westerburger und Freienfelser – fielen ihre Stammgüter so gering aus, dass sie sich stets in fremde Dienste begeben mussten und als Burgleute, Hofmeister und Amtmänner verschiedenen Lehensherren dienten.
Von den Hahnstättern weiß man, dass sie vor allem für die Grafen von Katzenelnbogen, die ihnen den Ort Hahnstätten mit Burg übertrugen, und für Kurmainz tätig waren; die Freienfelser, auf die die späteren Schönborn-Bischöfe zurückgehen, sind dagegen als kleine Gefolgsleute und Amtmänner der Grafen von Nassau-Weilburg seit dem 15. Jahrhundert überliefert. Über diese erhielten sie 1466 die Burg
