Der U.S. Naval Criminal Investigative Service (NCIS) ist die Militärstrafverfolgungsbehörde des United States Department of the Navy (Marineministerium der Vereinigten Staaten). Er ist sachlich für die United States Navy (Marine) sowie für das United States Marine Corps (Marineinfanterie) zuständig.
Der NCIS ist die direkte Nachfolgebehörde des früheren Naval Investigative Service (NIS). Ursprünglich war der NIS Teil des Marinegeheimdienstes Naval Intelligence, der seit dem Ersten Weltkrieg für den Schutz der Truppen und Gegenspionagemissionen zuständig war. Später wurde auch die Strafverfolgung bestimmter Delikte zur Aufgabe des NIS, die zum Großteil von zivil angestellten Agenten bewältigt wurde. Diese Praktik unterschied sich von der Arbeit des vergleichbaren Dienstes der US Army, der Criminal Investigation Division (CID). Die CID verließ sich bei ihrer Arbeit ausschließlich auf militärisches Personal. Das U.S. Air Force Office of Special Investigations verfuhr in der Personalfrage ähnlich wie der NIS.
1966 wurde der NIS vom Marinegeheimdienst getrennt und ein Echelon-II-Kommando mit eigenem Budget gegründet, das dem Chief of Naval Operations direkt unterstand. 1985 wurde Cathal Flynn, ein früherer Kommandooffizier des Naval Special Warfare Command, der erste Flaggoffizier, der den NIS kommandierte. Während dieser Phase wurde dem NIS auch das neu gegründete Anti-terrorist Alert Center (ATAC), ein Fusion Center, mit Aufgaben im Bereich der Anti-Terror-Aufklärung, unterstellt. Im Jahr 2002 wurde ATAC zu MTAC (Multiple Threat Alert Center) umbenannt, um den Aufgaben des NCIS Rechnung zu tragen.
Die Hauptverwaltung (NCIS Headquarters) ist seit dem 15. September 2011 auf der Marine Corps Base Quantico im Russell Knox Building, indem sich ebenfalls der Army CID und die Ermittlungsbehörde der Air Force befindet. Die ursprüngliche Hauptverwaltung südöstlich der US-Hauptstadt Washington, D.C. am Westufer des Anacostia auf dem historischen Washington Navy Yard wurde aufgegeben.
Derzeitiger Direktor des NCIS ist seit dem 4.Juni 2019 Omar R. Lopez.
Im Jahre 1992 wurden die Aufgaben der Behörde neu definiert. Sie wurde in eine zum Großteil zivile Behörde umgewandelt und in NCIS umbenannt. Ray Nedrow, ein früherer Leiter des US Marshals Service, wurde zum ersten zivilen Direktor des umbenannten Dienstes. Das gesamte 2.500 Mann starke NCIS-Personal besteht aus vereidigtem Zivilpersonal; etwa die Hälfte sind ausgebildete Special Agents. Der Personalkörper besteht aus bewaffneten Bundesagenten bzw. Ermittlern der US-Bundesjustiz. Da der NCIS heute direkt dem Secretary of the Navy (SECNAV) unterstellt ist, stehen die Agenten organisatorisch außerhalb der Kommandokette und sind nicht an die militärischen Rangstrukturen gebunden. Dennoch arbeiten sie eng mit Militärpersonal, insbesondere der Militärpolizei der amerikanischen Streitkräfte, zusammen. Special Agents haben das Recht, inner- und außerhalb von militärischen Anlagen zu ermitteln sowie Militärangehörige und Zivilisten zu inhaftieren.
Die andere Hälfte der Mitarbeiter wird unterstützend für die Special Agents eingesetzt. Es ist ein Kader von Analysten und anderen Experten, unter anderem ausgebildet in den Disziplinen Forensik, Überwachung und ihre Abwehr, Computerermittlungen wie auch physischer Sicherheit.
Die Ausnahme bildet eine kleine Anzahl Angehöriger der Militärreserve, die in der Gegenspionage eingesetzt werden. Der NCIS rekruti
